5 cours d’eau traversent le territoire communal et constituent des corridors écologiques importants. La Ville de Nyon s'engage à préserver ce patrimoine et à le renforcer par la renaturation certains tronçons et la création de petits plans d’eau en milieu urbain.
L’eau potable de Nyon est fournie à partir de l’eau de 5 sources, 3 stations de pompage dans les nappes phréatiques, ainsi que de l’eau du lac. Pour assurer sa préservation, il est nécessaire d’utiliser l’eau avec ménagement.
Nyon collecte ses eaux claires dans un réseau séparé, ce qui lui permet de les rejeter directement dans le milieu naturel.
Nyon traite ses eaux claires et usées via un système séparatif. Informations sur le réseau d’évacuation et le système d’assainissement de l’eau.
Depuis le 1er janvier 2013, les eaux usées et les eaux claires sont facturées séparément. Cette nouvelle structure se veut incitative, afin de donner la possibilité de réduire sa facture mais aussi de préserver l’environnement. Des déductions pour les propriétaires fonciers sont possibles dans certains cas.